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即將崛起的新一代測序信息學(xué)市場---小鼠ELISA試劑盒帶來播報(bào)

更新時(shí)間:2013-11-22      瀏覽次數(shù):1199

 

新一代測序中zui大的挑戰(zhàn)是什么?

新一代測序技術(shù)在國內(nèi)的應(yīng)用情況以及測序中遇到的zui大難題和挑戰(zhàn)是什么呢?據(jù)調(diào)查,大部分參與者認(rèn)為,數(shù)據(jù)分析是zui大的挑戰(zhàn)。而不少對(duì)測序儀感興趣的參與者也坦言,數(shù)據(jù)分析復(fù)雜使他們難下決心。

這組調(diào)查數(shù)據(jù)來自ebiotradezui近的調(diào)研報(bào)告,其中69%的調(diào)查參與者認(rèn)為,數(shù)據(jù)分析是zui大的挑戰(zhàn)。

在這組調(diào)查數(shù)據(jù)的參與者中,半數(shù)以上來自大專院校(包括中科院多個(gè)研究所),說明科研仍是新一代測序的主力軍。而生物技術(shù)公司/制藥公司的力量也不容小覷,占到20%以上。其余則是醫(yī)院、政府機(jī)構(gòu)。在這些參與者中,大約70%的用戶正在使用Illumina的測序儀,其中以HiSeq系統(tǒng)zui多。另外20%的用戶在使用Life Technologies的測序儀,包括Ion PGM、Ion Proton和SOLiD。其余的用戶則在使用羅氏454或Pacific Biosciences的儀器。

轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)和全基因組測序成為的測序應(yīng)用。大約58%的參與者會(huì)使用NGS測序儀進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,而全基因組測序緊隨其后,達(dá)到45%。其他頗受歡迎的應(yīng)用包括靶向重測序(28%)、甲基化研究(26%)、ChIP-Seq(25%)等。隨著新產(chǎn)品的不斷上市,新一代測序儀的價(jià)格正在不斷走低,不再成為研究中的主要門檻。

此外在這組調(diào)查數(shù)據(jù)中,還有22%的參與者將這一票投給了樣品制備,只有9%的參與者選擇了測序本身。的確,數(shù)據(jù)分析對(duì)于生物學(xué)家來說并不是強(qiáng)項(xiàng),我們還需要不斷充電,不斷實(shí)踐,才能勝任。

正是因?yàn)閿?shù)據(jù)分析相當(dāng)困難,四分之一的參與者選擇將項(xiàng)目或部分項(xiàng)目外包給專業(yè)公司。而大多數(shù)人會(huì)選擇第三方軟件或廠家提供的軟件進(jìn)行分析。另外,有16%的參與者會(huì)自己寫程序,用于數(shù)據(jù)分析。

對(duì)于測序中另一個(gè)有待改善的方面——樣本制備,超過六成的參與者認(rèn)為時(shí)間應(yīng)縮短,流程應(yīng)簡化。此外,參與者也盼望自動(dòng)化工具的出現(xiàn),能夠處理FFPE樣品,甚至不需要擴(kuò)增。

總的來說,新一代測序儀的用戶希望測序質(zhì)量提高(包括讀長、通量),使用成本降低,有更多的分析工具可以使用。

正在崛起的測序信息學(xué)市場

誠然,數(shù)據(jù)分析是目前新一代測序中的絆腳石,但從另一角度來看,這也代表了巨大的機(jī)會(huì)。隨著基因組測序成本的不斷下降,新一代測序(NGS)的信息學(xué)市場正在迅速崛起。分析人士認(rèn)為,盡管初步和二次數(shù)據(jù)分析工具都有可能作為常規(guī)產(chǎn)品,但高價(jià)值的三次數(shù)據(jù)分析可用于生物學(xué)解釋和研究報(bào)告,有望帶動(dòng)收入的增長。

的市場研究公司Frost & Sullivan近日發(fā)布了一份關(guān)于新一代測序信息學(xué)市場的分析報(bào)告。該報(bào)告指出,這一市場在2012年的收入為1.7億美元,預(yù)計(jì)2018年將達(dá)到5.8億美元,且年均復(fù)合增長率(CAGR)達(dá)到22.7%。

這份題為《Global Next Generation Sequencing Informatics Market》的報(bào)告覆蓋北美洲、歐洲、亞洲及其他地區(qū)的商業(yè)化初步和二次數(shù)據(jù)分析工具,存儲(chǔ)、生物學(xué)解釋和報(bào)告工具,NGS信息學(xué)服務(wù),以及實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)。

該公司生命科學(xué)部門的資深產(chǎn)業(yè)分析師Christi Bird表示:“在2012至2018年期間,測序數(shù)據(jù)的產(chǎn)量預(yù)計(jì)以75%的年均復(fù)合增長率增長,因此,研究人員也需要的NGS信息學(xué)解決方案,來管理、分析和解釋這一不斷增加的數(shù)據(jù)量。隨著NGS的應(yīng)用在持續(xù)擴(kuò)展,NGS信息學(xué)的實(shí)施也將不斷增加。”

然而,這一市場也面臨不少挑戰(zhàn)。分析指出,客戶在一系列應(yīng)用中采用NGS,而就信息學(xué)分析而言沒有理想的產(chǎn)品。因此,客戶可能難以確定滿足其需求的合適工具。在這一市場上,目前有100多個(gè)競爭對(duì)手提供免費(fèi)以及商業(yè)化的工具,這也導(dǎo)致進(jìn)入門檻較低,競爭日益激烈,某些產(chǎn)品領(lǐng)域的商品同質(zhì)化。

此外,考慮到目前有一些公共和開放源代碼的軟件,可通過內(nèi)部的生物信息學(xué)資源輕松獲得,NGS用戶往往不大愿意在商業(yè)化的信息學(xué)工具上投資。因此,除了同質(zhì)化和標(biāo)準(zhǔn)化的挑戰(zhàn),供應(yīng)商必須讓NGS用戶確信,他們的工具比免費(fèi)的更好。

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